नेपालमा आराध्यदेव भगवान पशुपतिनाथको उद्गगम सम्बन्धि बिभिन्न इतिहासकारहरुको बिभिन्न धारणाहरू रहेको छ । पौराणिक ग्रन्थ पूराण तथा अन्य केही लेखनहरुमा पशुपतिनाथको बारेमा उल्लेख गरेको भएता पनि प्रस्तुत धारणाहरुमा भने एकमत छैन ,कतिपय पौराणिक अभिलेखहरूमा पशुपतिनाथ को उद्गगम स्थल र उत्पतिको घटनालाई नेपालको नामकरण र राज्यसँग पनि जोडेको छ ।

को उद्गगम स्थल र उत्पतिको घटनालाई नेपालको नामकरण र राज्यसँग पनि जोडेको छ । ऐतिहासिक लेखनहरुको अध्ययन गर्दा पशुपतिनाथको बारेमा सबैभन्दा पहिला गोपाल राज बंशावलीमा उल्लेख गरिएको छ । नेपालको सबैभन्दा पुरानो मानिएको ग्रन्थ अनुसार एक नेप नामको गोठालाको एउटा कैली गाई थिइन् र ति गाई सधैं एउटा निश्चित समयमा हराउने गर्थिन् पछि गोठालाले ति गाई कहाँ जान्छिन भनेर पछि लागेर जाॅदा हाल नेपालको काठमाडौंको पशुपतिनाथ मन्दिर रहेको स्थानमा गई दुधको धारा बगाई रहेको देखे । आफ्नो गाईले सो स्थानमा गई दुईको धारा बगाएको देखेर गोठालोले अचम्म भई सो स्थानमा के रहेछ भनि खनेर हेर्दा पशुपतिनाथको ज्योतिर्लिंग प्रकट भयो र सो ज्योतिर्लिंगको कडा ज्योतीले ति गोठाला तत्काल भष्म भए भन्ने बंशावलीमा उल्लेख छ । त्यस्तै भाषा बंशावलीहरुमा पनि पशुपतिनाथको उत्पतिको बारेमा पौराणिक कथाहरूको प्रशंगलाई जोडिएको पाइन्छ। त्यस्तै गरि पौराणिक कथा अनुसार महाभारतको युद्ध भएपछि पाण्डवहरूले भगवान कृष्ण र भीष्म सँग युद्धमा आफन्तहरूको हत्या गरेकाले गोत्र हत्याको पापबाट मुक्त हुनको लागि के उपाय गर्नुपर्ला भनि सोधेको र भगवान शिवको दर्शन गरेपछि मात्र गोत्र हत्याको पापबाट मुक्त हुन्छ भन्ने कुरा थाहा पाएपछि पाण्डवहरू शिवजीको दर्शन गर्न हिमालयमा गएका थिए।

पाण्डवहरू आएको देखेर भगवान शिव भैँसीको रुप धारण गरेर भैँसीको बथानमा गएर लुकेका थिए।
धसिएका थिए। यसरी धसिदा पुछ्छर पाण्डवहरूले स्पर्श गर्दा केदारनाथ मा केदारनाथ भगवान प्रकट भए भने शिर नेपालमा पशुपतिनाथको रुपमा प्रकट भए ।यसरी पाण्डवहरूले पशुरुपी शिव भगवानको पुछ्छर स्पर्श गरेर गोत्र हत्याको पापबाट मुक्त भएका थिए भनिन्छ। आस्थाको केन्द्र रहेको पशुपतिनाथ यो एक देब भूमि हो । देवता हरुका पनि देव श्री महादेव भगवान पशुपतिनाथ नेपाली हिन्दूहरूका आस्थाका प्रतीक हुन् ।